Chaque centrale est équipée de dispositifs de collecte, de traitement et de contrôle / surveillance des effluents avant et pendant les rejets... Pour maîtriser les amibes et légionelles, les CNPE réalisent la surveillance et l' entretien des installations de refroidissement et mettent en oeuvre un traitement biocide à la monochloramine (et, pour la centrale de Civaux, par un traitement aux UV.