Ancienne élève de l' École Polytechnique et de l' École nationale d' administration (ENA), Marie Christine Lepetit intègre l' Inspection générale des finances en 1987 où elle exerce des fonctions d' audit et de conseil. Après avoir été chargée en 1991 par Jean Lemierre de mettre en place un contrôle de gestion à sein de la Direction Générale des impôts, elle devient responsable des travaux de synthèse à service de la législation fiscale en janvier 1995, avant de rejoindre le cabinet du Premier ministre Alain Juppé en tant que Conseiller technique en fiscalité et études macroéconomiques, puis en fiscalité et PME de 1995 à 1997. Elle poursuit sa carrière à la Direction Générale des impôts afin de améliorer la qualité de service.